Явища Ель-Ніньо відбуваються кожні два-сім років як частина природного кліматичного циклу Ель-Ніньо-Південне коливання (ENSO) в Тихому океані. Цикл ENSO чергується між теплою фазою Ель-Ніньо та прохолодною фазою Ла-Нінья, з нейтральними періодами між ними. Періоди Ель-Ніньо приносять підвищення температури поверхні моря в центральній та східній частині Тихого океану, що призводить до послаблення або зміни напрямку пасатів та суттєвого порушення глобальних температур та режимів опадів.
